La idea del diseño inteligente ha tenido una turbulenta historia intelectual. El principal desafío que ha enfrentado durante los últimos 200 años ha sido descubrir una formula conceptualmente poderosa que haga avanzar fructíferamente a la ciencia. Lo que ha mantenido a la idea del diseño fuera de la principal corriente científica desde que Darwin propuso su teoría de la evolución, es que carecía de métodos precisos para distinguir los objetos producidos inteligentemente. Para que la teoría del diseño inteligente pueda convertirse en un concepto científico fructífero, los científicos necesitan estar seguros de que pueden determinar con confiabilidad si algo fue diseñado.
Por ejemplo, Johannes Kepler pensaba que los cráteres de la luna habían sido diseñados por sus moradores. Hoy sabemos que fueron formados por fuerzas materiales ciegas (por ejemplo, impactos de meteoritos). Es este miedo a ser refutada y desbancada lo que ha evitado que la teoría del diseño entre a la ciencia. Pero los partidarios de la teoría del diseño inteligente argumentan que ya han formulado métodos precisos para distinguir los objetos diseñados de los no diseñados. Aseguran que estos métodos les permiten evitar el error de Kepler e identificar confiablemente el diseño en los sistemas biológicos.
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